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活性炭表面的粗糙度，特别是观凸起造成的粗糙度，对生物活性炭的形成过程有着重要影响。生物在活性炭表面的生存和生物挂膜，主要的影响因素是：活性炭的物理和化学吸附作用、生物自身分泌黏液的粘附作用、活性炭作为固体滤料的拦截保护作用。活性炭表面的粗糙度对以上三种作用都有重要影响，因此能影响到生物的生长和生物膜的形成。根据以前生物活性炭技术的研究表明，应用于污染水源水处理的生物活性炭，由于水中有机物很低，属于贫营养环境，因此生长在生物活性炭表面的生物是以长1-3um的杆菌为主，而且所形成生物膜也是破裂分散的，可以认为在活性炭表面所存在的1um以上凸起对生物的生长是有益的。凸起峰越多，则越有利于活性炭对水中有机物吸附，越有利于生物的生长和生物膜形成。
生物活性炭去除有机物的作用，在运行初期是以活性炭吸附作用为主，但随着运行时间延长，生物大量滋生并形成生物膜后，则生物对有机物的生物吸附降解将起到主导作用。因此活性炭是否有利于生物生长和生物膜的形成，在选择活性炭种时重要的考虑因素。从原子力显镜的照片中看出，B和C存在较多的凸起峰，尤其以C炭最多，有利于生物生长和生物膜的形成，因此可以预见在形成生物活性炭后，B和C会有较好的运行效果。